Maatalouden vesistö- ja ilmastovaikutuksia voidaan pienentää monin edellä mainituin tavoin. Lisäämällä ympäristön kannalta edullisia vaikutuksia maatalouteen voidaan myös vaikuttaa luonnon monimuotoisuuden lisääntymiseen sekä maan kasvukunnon kohenemiseen. Näitä ympäristö- ja ilmastoviisasta viljelyä edistäviä keinoja ovat muun muassa tuulensuojapensaikon- tai puurivin perustaminen pellolle, agrometsätalouden harjoittaminen sekä vieraskasvilajien tuhoaminen sekä leviämisen estäminen.
Agro- eli peltometsätalous on Suomessa vielä vähän tunnettu maankäyttömuoto, jossa puita kasvatetaan yksi- ja monivuotisten viljelykasvien kanssa samanaikaisesti tai peräkkäin. Myös tuulensuojapensaikko- tai puurivi on osaltaan agrometsätalouden harjoittamista. Ilmastonmuutoksen seurauksena äärevöityvää sään lämpötilan, sademäärien ja tuulen nopeuksien vaihteluja on agrometsätaloudella mahdollista puskuroida. Pienille, mahdollisesti peltoviljelystä poistuville, peltolohkoille voisi syntyä uutta käyttöä peltometsäviljelyssä, ja ne voisivat toimia samalla maatilan biodiversiteettiä edistävänä ratkaisuna.
Vieraskasvilajitovat uhka luonnon monimuotoisuudelle. Hyvin menestyessään ne aiheuttavat haittaa alkuperäiselle luonnolle. Levitessään ne tuhoavat luontaisten kasviemme elinympäristöjä, tuhoten samalla luontaisia ekosysteemejämme. Vieraskasvilajien leviämisen ehkäisemisellä on suuri vaikutus luonnon monimuotoisuuden kannalta sekä myös kotimaisten kasvilajien säilymisen vuoksi.